在留申請手数料の改定｜2026年10月から企業が確認したい受付日と納付方法

2026年10月1日以降に受付された在留資格変更・在留期間更新の申請では、許可期間に応じた新しい手数料が適用されます。境目は許可が出た日ではなく、申請が受付された日です。オンライン申請では支払い方も変わったため、企業の担当者は案件ごとに受付日・申請方法・納付案内を管理しましょう。

この記事は、外国人社員の在留手続きを管理する企業担当者向けに、2026年10月改定後のオンライン申請の確認手順をまとめます。ここで扱う手数料は入管庁に納める在留許可手数料と決済手数料です。行政書士等への依頼費用や登録支援の費用とは別のものです。

執筆・情報確認：エールZEAL国際行政書士事務所／2026年10月12日

最初に「受付日」を確認する

2026年9月30日までに受付された申請は、許可・交付が10月1日以降になっても改定前の手数料です。10月1日以降に受付された申請には改定後の金額が適用されます。審査結果の日や在留カードを受け取る日で新旧を決めないよう、申請ごとの受付完了記録を保管してください。

オンライン申請で9月30日までに受付された在留資格変更・在留期間更新の旧手数料は5,500円です。10月1日以降受付分のオンライン申請には、下表の新料金が適用されます。申請システムの受付記録と、個別に届く納付案内をあわせて確認してください。

オンライン申請の新料金は、許可された期間で変わる

この金額はオンライン申請に対する入管庁の表に基づきます。決済手数料は税込みで、コンビニ決済・銀行決済で同額です。クレジットカードとQRコード決済は利用できません。許可期間は審査後に決まるため、申請前の社内予算では金額を断定せず、幅を持たせておきます。

オンライン申請は、審査後の案内に従って納付する

1. 申請方法を記録する：オンラインか窓口かを、在留資格変更・更新の案件台帳に記載します。
2. 受付日を保存する：オンラインシステムの受付完了記録を保存し、2026年10月1日の前後を確認します。
3. 結果後に金額を確認する：入管庁のQ&Aでは、審査完了メールの後に別途送付される決済リンク付きメールに納める金額が記載されると案内されています。許可された期間に対応する金額を案内と照合します。
4. 指定の方法で支払う：コンビニ又は銀行決済から選びます。銀行決済はインターネットバンキングにも対応しています。一部のコンビニは利用できないため、案内画面で対象店舗を確認します。
5. 完了記録を残す：支払い完了メールやシステムの処理状況を案件記録に保管し、社内の担当者間で完了を共有します。

窓口申請は収入印紙。オンラインと混同しない

窓口で受付された申請の手数料は、2026年10月1日以降も収入印紙で納付します。オンライン申請のコンビニ・銀行決済に切り替わったからといって、窓口での納付方法まで同じになったわけではありません。

窓口申請の手数料額は許可期間によって変わります。入管庁から届く審査結果の案内に記載された金額を確認し、必要な額面の収入印紙を準備してください。入管庁は、庁舎内の売店等では在庫に限りがあるため、可能な限り事前購入するよう案内しています。申請時に金額を推測してまとめ買いせず、公式案内を確認しましょう。

支払いメールは送信元のドメインを確認する

入管庁は、オンライン申請の決済案内を装う詐欺メールに注意を呼びかけています。決済リンク付き案内メールは @service-dgft.com、支払方法の選択・完了に関するメールは @veritrans.jp から送られると案内されています。これ以外の送信元から納付を求められた場合は、リンクを開いたり支払ったりせず、申請システムの案内や入管庁の公式情報を確認してください。メールアドレスは「表示名」だけでなく、@より後ろのドメインまで確認します。

オンライン申請では、紙の納入通知書は送付されません。紙の通知書が届いた、想定外の方法を指定されたなど、公式案内と異なる点があれば、メール内のリンクではなく公式サイトから問い合わせ先を確認してください。

企業担当者向けの案件チェックリスト

• □ 在留資格変更か在留期間更新かを確認した
• □ オンライン申請か窓口申請かを記録した
• □ 申請受付日をシステムの記録で確認した
• □ 9月30日までの受付か、10月1日以降の受付かで適用額を分けた
• □ オンライン申請は審査後に許可期間と支払額を照合する予定を決めた
• □ 社内で誰が支払案内を確認し、完了を記録するか決めた
• □ 入管手数料・決済手数料と、専門家報酬や登録支援費用を別項目にした
• □ オンライン決済メールの送信元ドメインを確認する担当者を決めた

行政手数料の改定は、専門家への依頼料金や登録支援機関との契約料金を自動的に変更するものではありません。見積りや社内精算では項目を分け、実際の業務範囲・依頼先との契約条件に沿って整理してください。費用負担の取り決めは会社と本人の間で確認し、この表だけから一律に決めないことが大切です。

よくある質問

9月に申請し、10月に許可された場合は新料金ですか？

2026年9月30日までに受付された申請は、許可が10月1日以降でも改定前の手数料です。申請したつもりの日ではなく、受付記録の日付を確認してください。

オンライン申請で収入印紙を使えますか？

2026年10月1日以降に受付されたオンライン申請は、コンビニ決済又は銀行決済です。窓口申請は収入印紙による納付です。

手数料が改定されたら、行政書士報酬や支援委託費も変わりますか？

入管庁の在留許可手数料と、専門家への報酬・登録支援の委託費用は別の費用です。改定後の見積りや契約条件は依頼先に確認してください。

次にすること

在留手続きの案件台帳に「受付日・申請方法・適用する手数料・結果後の確認担当・納付完了日」を設け、2026年10月以降の案件から記録を始めます。実際の金額・支払手順は、申請時点の入管庁公式案内と個別の審査結果通知で再確認してください。更新の準備項目は、外国人社員の就労ビザ更新で会社が確認したい書類と情報もご覧ください。申請業務の対応内容は就労ビザ申請サポートで案内しています。

出典

• 出入国在留管理庁「令和8年10月1日付け在留許可手数料の額の改定等について」（確認日：2026年10月12日）
• 出入国在留管理庁「オンライン申請における手数料額及び手数料納付方法について」（2026年10月1日以降受付分、確認日：2026年10月12日）

あわせて読みたい記事

• 外国人社員の就労ビザ更新で、会社が準備・確認したい書類と情報
• 特定技能外国人の在留期間更新に向けて、会社が早めに確認したいこと